第三天和第五天胚胎在区别在于发育时间和发育的阶段不同。一个才长了三天称卵裂胚，一个长了五天称为囊胚。第三天胚胎细胞数目一般在8细胞左右，而囊胚在体外多养2-3天，因而囊胚细胞数目更多，生命力更强，更容易着床。但囊胚培养有一定风险，从胚胎发育到囊胚的过程中，经过了胚胎的自我筛选和淘汰，因此可以利用的囊胚数可能少于第三天胚胎数。因而不是所有的胚胎都能发育到囊胚阶段，第三天的优质胚胎也有形成不了囊胚的风险。
第3天胚胎是指卵子与精子受精后培养到第3天(取卵后第3天)的胚胎，实验室的胚胎师会根据胚胎的卵裂球数目、卵裂球的均一性及胚胎碎片程度对胚胎进行评分，这个时候胚胎细胞数量一般在6-8个左右。胚胎移植后会在宫腔内继续发育，在移植后的3-5天着床。
优点
1.体外培养时间短，实施操作少，对胚胎的潜在影响较小；
2.避免了没有胚胎可移植的风险；
3.体外培养时间短，花费更少。
缺点
单个胚胎着床率低，多数移植2个胚胎，多胎率增加。
第3天胚胎继续发育2-3天，细胞间开始形成囊腔，细胞分化，这就是第5-6天的胚胎。囊胚的分级根据囊胚腔、内细胞团、滋养层细胞来分级来评分，最佳的囊胚是第5天形成的4AA。第5天胚胎在移植后2-4天着床。
优点
1.在体外多培养了2-3天，能进一步筛选出更具发育潜能胚胎；
2.移植后距离着床时间短，一定程度上降低了宫外孕的风险；
3.每个胚胎的种植率高于第3天，减少移植次数。
缺点
1.增加囊胚培养费用；
2.存在囊胚培养失败而无胚胎可移植的风险。
不管第三天和第五天有多么的不一样，可以确定的是，只要在正常的时间，以正常的速度生长，缘分到了最终都会有一个好的结果。
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