一般情况下，在一代试管治疗后巧克力囊肿对胎儿并没直接影响，但若孕期囊肿逐渐增大，甚至破裂，易增加流产、早产的风险。另外，如果巧克力囊肿严重，那胚胎着床也会受到一定阻碍，因此患有巧克力囊肿的女性，在一代试管婴儿治疗后需要小心谨慎，遵从医生医嘱进行休养，以免胚胎着床失败。
巧克力囊肿会使得女性的卵巢功能受损，影响女性体内激素分泌，一定程度上会影响一代试管婴儿治疗后，女性宫内的胚胎着床。另外，巧克力囊肿还会引发剧烈腹痛，间接也会导致胚胎着床失败。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症常见的一种表现形式，主要表现为卵巢内有中等大小的囊肿，由于囊肿内容物通常呈咖啡色黏液状，故俗称巧克力囊肿，对女性的身体健康有严重威胁。一般来说在孕期巧克力囊肿并不会对胚胎的生长发育造成直接影响。但是若在孕期巧克力囊肿发生破裂或是蒂扭转，容易引起急腹症。使得孕妇出现剧烈腹痛、发热等情况，宫缩从而增加，易导致早产，或是流产，需及时手术。
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